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如何用ClustalX和TreeViewX进行多序列比对并生成系统发育树?

真·科研狗      06-14 19:02      882      2

在文章中,我们经常看到类似如下的图片:


是不是感觉很深奥,很难的样子?其实没那么难,我们来学习如何绘制这样的图片。

1. 首先下载并安装好ClustalX,注意安装的路径中不能有中文,下载地址在文末。

2. 既然是多序列比对,那么我们需要找到各个序列,我们以不同物种的p53的CDS区为例来介绍如何进行多序列比对,以及系统进化树。

3. 我们下载了不同物种的p53的FASTA格式的序列,将其放在同一个txt里面,同时我们只保留物种名。注意这个txt文本的路径中也不能有中文字符。


4. 打开ClustalX,执行File->load sequence,选择上面的txt文本,打开如下:


5. 接下来设置多序列比对参数,在菜单栏Alignment ->Alignment Parameters 选择多序列比对参数,这里的参数如果不明白什么意思可以去查下学习下,我们直接使用默认的参数就可以。


6. 在Alignment -> output format options里面,我们设置导出的格式,我们把PHYLIP勾上。


7. 然后执行菜单栏 “Alignment-> Do Complete Alignment”,会提示保存路劲,注意这里面路径也不能有中文字符:


8. 导出的文件中,dnd是向导树文件,aln是比对文件,phy是phylip软件的格式,都可以直接用记事本打开。操作之后,软件界面如下,显示了比对的结果,带有 * 号的标识完全匹配,下面灰色的柱状图高低代表匹配的程度。


9. 我们再执行 "Trees" -> "Draw Trees",画出树形图。


10. 我们下载Treeview X,并安装好,然后打开上面的sequence.ph文件:


11. 我们可以更换显示效果,点击工具栏的图标得到如下结果:


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  • 碧海惊涛 发布于:2017年08月30日 16:12:50

    最近该网站为何一直没有更新呢

  • Runner 发布于:2017年12月02日 11:32:57

    这也太简单了吧,事实上还有步骤


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