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还在用Primer Premier 5? 来试试Primer Premier 6 吧

真·科研狗      10-15 10:31      2111      5

安装教程

首先下载Primer Premier 6 安装文件包,下载地址在文末,或者登陆http://www.keyangou.com/tools/software。下载之后解压缩文件,存在三个文件/文件夹:

微信截图_20170517121604.png

2  如果你的系统是32位的先安装jre-8u131-windows-i586.exe;如果你的系统是64位的安装jre-8u131-windows-x64.exe。

接下来打开primerpremier-6文件夹,安装PP600Installer.exe,选择安装位置,默认地址为:C:\ProgramFiles\Primer Premier 6.0\,我们选择D盘:D:\Program Files (x86)\Primer Premier 6.0.

拷贝primerpremier-6文件夹下面的patcher,复制到:D:\Program Files (x86)\Primer Premier 6.0\http\Dwww.premierbiosoft.com\P80\DMIUpdater\DMPP\DM600。

按一下Win+R键,输入cmd。出来命令窗口,首先我们输入 "cd /"(中间有一个空格) 回到C盘根目录,然后输入"cd /d d:"(cd与/d之间有一个空格,/d与d:之间有一个空格)回到D盘下,然后输入"cd "(cd后加一个空格),之后找到D:\Program Files (x86)\Primer Premier 6.0\http\Dwww.premierbiosoft.com\P80\DMIUpdater\DMPP\DM600 这个文件夹,在地址栏复制地址,然后回到命令窗口复制,之后回车。最后输入“java -jar patcher.jar"即可破解。

微信截图_20170517102820.png


  使用入门  

我们在NCBI上面找到目的基因序列,我们以p53为例,找到p53的mRNA的CDS序列。

我们在Primer Premier 6中新建一个序列,把p53的序列复制过来

微信截图_20170517114138.png

点击工具栏的导出序列选项,我们可以选择导出序列的单链/双链,按照3个碱基一起输出或者按照10个碱基一起输出。这点功能在设计截断或者点突变引物的时候十分有用。

微信截图_20170517114246.png

4 导出来之后我们可以查看如下,选择的是3个碱基一起,双链导出。

微信截图_20170517114604.png

在工具栏里还有3/10个碱基预览窗口,以及单链双链预览窗口

微信截图_20170517114617.png

微信截图_20170517114723.png

当然Primer Premier 6重要的功能还是设计引物,我们点击引物按钮:

微信截图_20170517115220.png

设置好参数之后,我们点击Search按钮,得到了如下的信息:

微信截图_20170517115956.png

上图中只是展示了评分最高的一条引物,我们可以查看更多的引物,点击右边的”All Primers":

微信截图_20170517120443.png

7 之后我们在序列上右键,可以选择导出引物以及导出引物的产物

微信截图_20170517120738.png


8 Primer Premier 6的方便的功能在于在线获取序列,通过输入Accession /GI numbers就可以直接获取序列,但是遗憾的是破解版屏蔽了网络连接,无法实现在线获取功能。土豪们请直接购买软件,然后就能享受更便捷的操作了。

微信截图_20170517130255.png

PS:个人感觉Primer Premier 6功能并没有想象的强大,其在线获取序列功能确实比较方便,也增加了SNP等分析。但是去掉了酶切位点分析,这是一个大问题,希望在以后的版本中能够重新加入。

下载方式:在公众号里面输入“primer6”就能得到下载方式啦,输入“primer5"就能下载primer 5

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  • Leothecharles 发布于:2018年04月27日 08:38:11

    赞一个

  • 夏虫与冬冰 发布于:2018年06月14日 21:25:40

    想下载,没金币,怎么破...

  • doolp 发布于:2018年07月28日 11:38:45

    meiyou jinbing 

  • doolp 发布于:2018年07月28日 11:39:01

    #夏虫与冬冰# 在2018-06-14 21:25:40说到:

    想下载,没金币,怎么破...

    尴尬

  • Gentleripper 发布于:2018年08月27日 18:16:16

    没金币怎么办


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