R代码2-两组基因韦恩图

首席躺平官 2021-07-29 16:04:30 阅读: 1533

#获得两个差异表达基因集的韦恩图和基因名
library(VennDiagram)
#设置当前工作目录,所下载的数据或者生成的数据都在如下目录下
setwd("D:/geo/GSE70689/")

#读取差异基因
CBD_Cntr_data = read.csv("CBD-Cntr_defference_expression_genes.csv", header = T)
CBD_LPS_LPS_data = read.csv("CBD_LPS-LPS_defference_expression_genes.csv", header = T)

#获得差异基因的symbol
CBD_Cntr =as.character(CBD_Cntr_data$X)
CBDLPS_LPS =as.character(CBD_LPS_LPS_data$X)

venn.diagram(
  x= list("CBD_Cntr" = CBD_Cntr, "CBDLPS_LPS" = CBDLPS_LPS),
  filename = "venn.png", 
  height = 800, 
  width = 800,
  resolution =300, 
  imagetype="png", 
  col="transparent",
  fill=c("blue","green"),
  alpha = 0.50, 
  cex=1,
  cat.cex=0.5
)
#取得两个个组差异基因的交集
DEG = intersect(CBD_Cntr, CBDLPS_LPS)
DEG

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