CUCKOO: 蛋白质翻译后修饰在线预测、工具、数据库大全!

小小米 2021-08-11 10:39:20 阅读: 10717

翻译后修饰(Post-translational modification, PTMs) 主要是指蛋白质在RNA翻译之后,在蛋白质的某些氨基酸上进行化学结合一些基团的修饰。常见的翻译后修饰有磷酸化、乙酰化、泛素化等,不常见的还有糖基化、SUMO化、硫化、甲酰化、烷基化等等。这些修饰往往对蛋白的生物学活性有重大影响。

现在流行的蛋白质数据库主要为蛋白表达层面或者整体水平上面,比如大规模的蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学、乙酰化蛋白质组学。而今天我们要介绍的是在位点水平上面对蛋白质修饰进行表述的数据库。

CUCKOO是一个工作组名称,他们建立了一系列的蛋白质修饰在线工具,包括预测、工具以及数据库三个大类。

PTM预测类包括如下的几个数据集,包括磷酸化、乙酰化、甲基化等。拿磷酸化作为例子来说,GPS工具中提供了常见的磷酸激酶,你只需要输入指定的序列,便能知道该段序列哪些位点可能被哪些磷酸激酶磷酸化。

 

工具里包括如下几项:

数据库包括如下几个数据集:细胞周期、节律、相分离、泛素化、赖氨酸修饰、蛋白质修饰与疾病等等。

Biocuckoo网址:http://biocuckoo.cn/

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