菌落PCR

直接挑取菌落进行PCR,PCR的95℃加热可以破胞,释放基因组DNA或质粒,成为PCR体系的模板,然后进行链式扩增。
1.  PCR混合液的制备

(1)Taq buffer(10×) 180 ul

(2)dNTP(2.5 mM) 20~25 ul

(3)Primer Forward(引物浓度在10 Pmol) 5 ul

(4)Primer Reverse(引物浓度在10 Pmol) 5 ul

(5)ddH2O 147 ul

(6)Taq(2 U/ul) 12~15 ul

2.  常温下随机挑选转化板上的转化子,用灭菌的牙签或枪头挑取单个菌落(强调单个,不能是双克隆),在LB琼脂糖平板上轻点,做一拷贝。

3.  然后将沾有菌体的牙签或枪头置于相应的装有PCR管中或者96空pcr反应板(管子做好记号,如平板上点的是1#,则管子上也标1#,以便筛选到克隆后的扩到培养)。

4.  挑好单克隆菌落后将之前配制好的PCR混合液加入体系是30 ul。

5.  将混有菌体的PCR混合物置于PCR仪中,按常规条件扩增。

6.  将扩增出来的反应液中加入溴酚蓝或是其他染料,电泳检测是否得到目的片断。如有则为阳性克隆。

7.  将已经接种有菌落的平板置37℃培养箱培养过夜,使菌落扩增。

8.  次日挑选阳性克隆做进一步筛选或培养。步骤2也可以不点板,直接接种摇菌,如果早上做PCR的话,下午就可以提质粒,得到重组载体。
注意事项
1.  设计引物很关键。一般如果是定向克隆,用载体上的通用引物即可;如pET系列可用T7通用引物。如果是非定向克隆(如单酶切或平末端连接),一条引物用载体,一条引物用目的基因上的,这样就可以比较方便的鉴定了,而且错误概率很低。PCR条件的选择接近最佳,同时挑取的菌体不宜太多,否则会有非特异性扩增。

2.  使用的引物浓度不能太高,浓度过高会导致非特异性扩增,反应的循环数也不能太多,一般不超过25个。同时因为扩增的片段的GC含量问题,有的GC含量很低,有的又很高,导致菌落PCR不容易扩增出目的条带,在此建议在设置PCR程序时以高GC的温度为上限,每一循环降0.2度左右。
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