ACS Catalysis | 上海交大分子酶学研究团队开发非天然底物结合适配策略实现氨基转移酶高效进化

近日,国际知名期刊《ACS Catalysis》在线发表了上海交大冯雁教授团队崔莉副研究员的研究成果“Molecular Evolution of an Aminotransferase Based on Substrate–Enzyme Binding Energy Analysis for Efficient Valienamine Synthesis”。该研究提出了基于“酶-底物结合能分析”
2022-11-09

SCIENCE CHINA Life Sciences | 同济大学-微众银行刘琦教授团队开发首个隐私保护方式下大规模单细胞参考图谱构建和单细胞类型自动鉴定方法

单细胞转录组学在单个细胞水平上对转录组进行测序分析,对于理解细胞和组织的复杂机制不可或缺。近年来,随着单细胞测序技术的快速发展,单细胞测序技术实验通量大幅增加,可以对愈加复杂多样的样本进行分析,并随着时间的推移积累了大量的参考数据集。各种社区甚至产生了许多图谱级单细胞数据集,如人类细胞图谱[1],人类肿瘤图谱网络等[2]。这些数据有助于以有监督训练模型的方式自动进行细胞类型鉴定,而无需预先标记基
2022-11-04

EMBO report | 华中科技大学基础医学院刘蓉教授团队揭示抑郁症相关树突可塑性损伤新机制

10月28日,基础医学院病理生理学系刘蓉教授课题组在欧洲分子生物学组织旗下期刊EMBO reports在线发表了题为CIP2A deficiency promotes depression-like behaviors in mice through inhibition of dendritic arborization的最新研究成果,揭示了CIP2A蛋白功能缺陷在介导抑郁症相关突触可塑性损伤中
2022-11-05

Nature Communications | 上海交大白林泉团队解析新颖二聚化氨甲酰基转移酶晶体结构及催化机制

近日,上海交通大学生命科学技术学院白林泉教授团队在国际权威期刊《Nature Communications》上在线发表了题为“Endowing homodimeric carbamoyltransferase GdmN with iterative functions through structural characterization and mechanistic studies”的研究论文
2022-11-07

Nucleic Acids Research|同济大学王晨飞课题组合作建立肿瘤微环境单细胞转录组学数据库TISCH2

肿瘤的发生发展过程中,其所处的免疫微环境具有高度异质性,并和疾病的发展密切相关。单细胞转录组测序技术的出现,极大地提高了肿瘤微环境研究的分辨率,使得研究人员可以在单细胞层面探究肿瘤微环境中的细胞组成以及基因表达调控的异质性。肿瘤免疫疗法在控制肿瘤方面疗效显著,但临床试验表明,由于高度复杂的肿瘤微环境,免疫疗法仅对部分患者有效。因而,利用单细胞测序技术解析不同治疗条件和治疗响应情况下肿瘤样本的微环
2022-11-08

Nature Biotechnology | 北京大学伊成器和合作者开发m6A单碱基定量测序检测方法

2022年10月27日,北京大学生命科学学院伊成器课题组联合北大医学部药学院王晶课题组联合在Nature Biotechnology杂志上在线发表了题为“Absolute quantification of single-base m6A methylation in the mammalian transcriptome using GLORI”的研究成果。
2022-10-28

Chemical Society Reviews丨复旦大学鲁伯埙/丁澦/费义艳/邢栋合作发表以ATTEC等技术为代表的靶向溶酶体途径的降解新技术综述

鲁伯埙/丁澦/费义艳/邢栋合作发表以ATTEC等技术为代表的靶向溶酶体途径的降解新技术综述 本论文作为Chemical Society Reviews期刊2022年第21期封面论文发表 靶向溶酶体降解途径的主要技术汇总
2022-10-31

Stem Cell Reports | 同济大学陆建峰课题组建立TPH2-EGFP报告系统用于体外纯化和体内监测人类血清素神经元

血清素系统的异常变化与人类神经精神类疾病(抑郁症、精神分裂症、自闭症、慢性疼痛、婴儿猝死综合征等)的发生发展有关。科学家们在体外将人类多能干细胞分化为血清素神经元并开展了多项研究,为揭示上述疾病的发病机制并建立更好的治疗方法提供了重要途径。但是,体外定向分化获得血清素神经元的过程中,会产生大量的非血清素神经元细胞,这影响了分化体系的稳定性,不利于应用转录组学或蛋白质组学等了解人类血清素神经元的具
2022-11-03

Nucleic Acids Research | 复旦大学徐书华团队发布人类主要组织相容性复合体基因数据库和分析平台PGG.MHC

2022年11月2日,国际知名学术期刊《核酸研究》(Nucleic Acids Research)在线发表了复旦大学生命科学学院/人类表型组研究院徐书华教授团队开发的人类主要组织相容性复合体(MHC)基因数据库和计算分析平台PGG.MHC(https://www.pggmhc.org/pggmhc或https://pog.fudan.edu.cn/pggmhc),论文题为“PGG.MH
2022-11-03

Cell Reports Physical Science | 上海交大赵一雷团队基于人工智能证明生物合成酶预反应态分析的有效性

近日,Cell Press细胞出版社期刊《Cell Reports Physical Science》在线发表了上海交通大学生命科学技术学院赵一雷教授研究团队题为“Understanding the effectiveness of enzyme pre-reaction state by quantum-based machine learning model”的最新成果。生命科学技术学院博士生
2022-11-03

Emerging Microbes & Infections | 附属上海儿童医学中心曹清团队联合农业与生物学院袁聪俐团队基于全健康模式诊治儿童复杂性猫抓病

近日,国家儿童医学中心(上海)、上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心感染科曹清教授团队联合上海交通大学农业与生物学院袁聪俐研究员团队在国际期刊《Emerging Microbes & Infections》杂志在线发表了题为“Cat Scratch Disease with Generalized Bone Lesions in an immunocompetent child”的临床研
2022-10-27

journal of medical virology | 华中科技大学范雄林教授课题组揭示SARS-CoV-2逃逸中和抗体免疫力的变异规律

2022年10月,范雄林教授团队在journal of medical virology 杂志发表题为“SARS-CoV-2 evolves to reduce but not abolish neutralizing action”的研究论文。SARS-CoV-2及COVID-19在世界范围内的大流行已经持续了两年多,有部分国家和地区已经解封并回归疫情前常态。基于SARS-CoV-2原型株或其刺
2022-10-28

Science | 清华大学朱听课题组实现镜像T7转录

构成生命的天然核酸和天然蛋白质皆具有手性单一特性:已知的天然核酸皆由D型核糖组成,天然蛋白质几乎皆由L型氨基酸组成。朱听课题组致力于从遗传信息中心法则出发,利用化学、生物学等多学科手段构建与天然生物分子手性相反的“镜像生物学系统”。至今,该课题组已初步实现了镜像中心法则中的镜像核酸复制、转录、反转录等过程,突破了大型镜像蛋白质全化学合成和千碱基长度镜像基因合成的技术瓶颈,开发了镜像核酸测序、镜像D
2022-10-28

Advanced Science | 武汉大学姚镜课题组发文揭示了TRPV2通道-Ca2+-LRMDA信号轴促进病毒感染的作用机制

2022年10月20日,《Advanced Science》在线刊发了武汉大学生命科学学院、病毒学国家重点实验室姚镜教授课题组的研究进展,论文题目为“The transient receptor potential vanilloid 2 (TRPV2) channel facilitates virus infection through the Ca2+-LRMDA axis in m
2022/10/20

Curr Biol | 北京大学焦雨铃组和合作者通过学科交叉研究揭示植物原基早期形态建立机制

形态建成(morphogenesis)是发育生物学研究的核心问题之一。植物器官的最终形态在很大程度上受其早期原基形态的影响。因此,理解原基形态的发育机制对理解植物器官的形态建成至关重要。然而,虽然多年来的研究已经发现了诸多调控原基发育的因子,但这些因子影响的具体生物过程以及最终决定原基形态的机制仍不甚明了。
2022-10-24

Communications Biology | 上海交大吕晖课题组开发出基因组二代测序数据质控新方法

近日,国际知名期刊《Communications Biology》在线发表了上海交大吕晖教授课题组题为“FVC as an adaptive and accurate method for filtering variants from popular NGS analysis pipelines”的最新研究成果。该研究提出了一种新的基因组二代测序数据质量控制方法,有效提升了二代测序检出的基因变异
2022-10-24

Stem Cell Reports | 北京大学医学部向宽辉时艳李彤合作利用干细胞分化技术建立静息态肝星状细胞模拟早期肝纤维化过程的体外模型

2022年10月20日,北京大学基础医学院庄辉/李彤/向宽辉研究组和邓宏魁/时艳研究组合作,在干细胞生物学领域权威期刊Stem Cell Reports上在线发表题为“Generation of functionally competent hepatic stellate cells from human stem cells to model li
2022-10-21

Nature | 北京大学医学部长涛教授团队发现肠道菌群通过降解尼古丁,改善吸烟加重的非酒精性脂肪肝炎

烟草的使用是全球疾病和死亡的最主要可预防性因素。我国直接吸烟人口超过3亿,被动暴露于烟雾环境中的人数更是难以统计。众所周知,吸烟不仅是肺癌重要的致病因素,更与心血管疾病、糖尿病等多种代谢性疾病息息相关。近年来多项流行病学证据显示,长期吸烟与非酒精性脂肪肝炎(NASH)的进程密切相关,但其分子机制和干预策略研究仍为空白。因此,解
2022-10-20

Nature Communications | 清华大学生命学院张强锋课题组开发单细胞测序数据在线整合的人工智能算法

随着单细胞测序技术的发展,单细胞科学研究不断深入,规模越来越大,所研究的对象也越来越复杂。整合来源不同的单细胞测序数据,消除批次效应,进行全面挖掘和解析,是现在单细胞测序数据分析的一个基础和核心环节。目前单细胞测序数据整合面临以下几方面难题:1)不同实验样本、实验平台、建库方法乃至操作等因素带来的批次效应会在单细胞测序数据中引入非生物学噪音,干扰细胞间生物学差异的提取和解析;2)单细胞研究的
2022-10-20

Nucleic Acids Research | 北京大学胡家志课题组与合作者追问在体基因编辑的安全性

近年来,CRISPR-Cas等新一代的基因编辑工具在肿瘤免疫治疗和基因在体治疗等过程中展现出了极大的应用前景。基因编辑工具的优化大概经历三个时期:一是编辑效率和应用范围的提高和拓展;二是脱靶活性的抑制;三是关注基因编辑的基因组毒性,其中主要指染色质结构变异。染色体结构变异包括染色体易位和大片度DNA丢失1。染色体结构变异严重威胁基因组的稳定性并干扰细胞的正常生命活动,进而促使细胞死亡、恶性增
2022-10-19
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