SnapGene # 绘制比较基因簇结构图

我来到你的城市 2021-07-27 09:30:04 阅读: 936

1. PHAST

打开PHAST (http://phast.wishartlab.com/)网址,输入基因组Genbank accession number/fasta件,点击submit.

下载.jpeg

2. 选择prophage

选取PHAGE_Shigel_SfII下载 (1).jpeg

NCBI BLAST比对

3. 目标序列的比对

通过PHAST比对的结果,如下图标记的前者是基因组里的基因名,后者是噬菌体的GI号,下载蛋白序列进行NCBI blastp比对。

网址:https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi下载 (2).jpeg

4. blastp比对

一般我们认为identity >30%;e-value <1e-10;score>200;overlap >60%,二者具有同源性。下载 (3).jpeg

SnapGene viewer作图

5. 导人序列

导入序列从NCBI上下载基因组上比对上的基因区段与phage_shigel_sfii基因(gb文件),导入序列后,SnapGene Viewer会自动识别质粒序列上的酶切位点等信息,依次点击下方的图标,将文字信息去除。下载 (4).jpeg

6.  基因结构绘制

双击在DNA line下方的基因,适当调小基因的长度,让基因落在DNA line上(这里是使图片美观的,也可以不设置),根据比对结果,与基因组同源的基因设置成一样的颜色,点击file,将图片导出 Map。(svg矢量图格式,用于后续AI绘图)下载 (5).jpeg

7. 使用AI软件进行拼图

打开Adobe Illustrator CS6,选中矢量图,放置到一个模板里,小编这里就只加了标尺与名称,根据需要你们可以自行添加标注与注释等信息。下载 (6).jpeg

邀请讨论

附件

{{f.title}} 大小 {{f.file_size}} 下载 {{f.count_download}} 金币 {{f.count_gold}}
{{item.nick_name}} 受邀请回答 {{item.create_time}}
{{item.refer_comment.nick_name}} {{item.refer_comment.create_time}}

附件

{{f.title}} 大小 {{f.file_size}} 下载 {{f.count_download}} 金币 {{f.count_gold}}
切换到完整回复 发送回复
赞({{item.count_zan}}) 踩({{item.count_cai}}) 删除 回复 关闭

小组最新话题

科研狗©2015-2023 科研好助手,京ICP备20005780号-1 建议意见 友情链接:小邦科研

服务热线

178 0020 3020

微信服务号