SnapGene # 绘制比较基因簇结构图

我来到你的城市 2021-07-27 09:30:04 阅读: 1802

1. PHAST

打开PHAST (http://phast.wishartlab.com/)网址，输入基因组Genbank accession number/fasta件，点击submit.

2. 选择prophage

选取PHAGE_Shigel_SfII 下载 (1).jpeg

NCBI BLAST比对

3. 目标序列的比对

通过PHAST比对的结果，如下图标记的前者是基因组里的基因名，后者是噬菌体的GI号，下载蛋白序列进行NCBI blastp比对。

网址：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 下载 (2).jpeg

4. blastp比对

一般我们认为identity >30%；e-value <1e-10；score>200；overlap >60%，二者具有同源性。下载 (3).jpeg

SnapGene viewer作图

5. 导人序列

导入序列从NCBI上下载基因组上比对上的基因区段与phage_shigel_sfii基因（gb文件），导入序列后，SnapGene Viewer会自动识别质粒序列上的酶切位点等信息，依次点击下方的图标，将文字信息去除。下载 (4).jpeg

6. 基因结构绘制

双击在DNA line下方的基因，适当调小基因的长度，让基因落在DNA line上（这里是使图片美观的，也可以不设置），根据比对结果，与基因组同源的基因设置成一样的颜色，点击file，将图片导出 Map。（svg矢量图格式，用于后续AI绘图）下载 (5).jpeg

7. 使用AI软件进行拼图

打开Adobe Illustrator CS6，选中矢量图，放置到一个模板里，小编这里就只加了标尺与名称，根据需要你们可以自行添加标注与注释等信息。下载 (6).jpeg

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