CDSC: 基于518种药物,988种细胞,693种突变特征的肿瘤耐药数据库

小小米 2021-07-27 11:40:57 阅读: 194

做肿瘤的离不开肿瘤药物数据库,今天给大家介绍一个丰富的肿瘤耐药数据库CDSC,地址在文末。

打开首页,对数据库的信息进行了一个总结。

下面我们分别从药物、突变和细胞三个层面来展示。

1. 我们以顺铂为例,在搜索框中输入“Cisplatin”,出来如下界面

上图中曲线由768个点组成,每个点代表一个细胞,横坐标就是细胞,纵坐标是IC50值。

2. 我们选择第二个选项卡:IC50 by tissue

该选项卡下展示了Cisplatin在不同肿瘤中的IC50值。

3. 再看下第三个选项卡:Volcano Plot。

该火山图主要展示了对顺铂敏感的细胞系以及对顺铂抵抗的细胞系。

4. 第四个选项卡主要是柱形图展示:

点击上图右边的“Select Feature”:

上图展示了对顺铂敏感以及抵抗的几种突变特征。

5. 我们再看下最后一个选项卡“Compare compound“,即比较两个化合物。

由于上面横坐标和纵坐标都是Cisplatin,所以图中是一条直线,我们可以选择另外一个药物5FU对照下:

6. 上面几步提示了如何搜索一个药物,那么如何浏览所有的药物呢?在导航栏有一个链接Compounds,直接列出了518中药物链接。

7. 下面介绍下如何从基因入手,本数据库收录了693中突变特征,所以如果你搜一些没有突变的基因可能是没有结果的。下面以BRAF为例,我们直接在搜索框里面输入BRAF,然后跳转到如下页面:

10. 点击上图中的“BRAF_mut”,得到如下的结果:

11. 上图中展示了对于BRAF突变敏感的药物,并进行了排序。在页面右边还列出了针对BRAF突变可以进行治疗的肿瘤,如结直肠癌、黑色素瘤等肿瘤:

12. 最后我们看下以细胞系搜索方式,在搜索框直接输入细胞系,以COLO-829为例:

上图中每个点代表一种药物,展示了518种药物对于COLO-829细胞的IC50值。

数据库地址:https://www.cancerrxgene.org/

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