R2-20 第八期-热图

科研狗聪 2017-12-20 12:08:33 阅读: 1342

setwd("F:\\Doctor\\R语言学习\\互助小组\\第8期作业")
library(reshape2)
library(ggplot2)
library(plyr)
library(scales)
data_heatmap<- read.csv("miRNA_rice.csv")

data_m <- melt(data_heatmap, id.vars=c("miR_ID")) # 把正常矩阵转换为长表格模式的函数。把全部的非id列的数值列转为1列，命名为value；所有字符列转为variable列。
                                                  # id.vars 列用于指定哪些列为id列；这些列不会被merge，会保留为完整一列
data_m <- ddply(data_m, .(variable), transform, label = rescale(value)) #标准化，每排数据映射到按最小值和最大值映射到(0,1)区间
#or
data_m <- ddply(data_m, .(variable), transform, label = scale(value)) ##标准化并正态化数据
ggplot(data_m, aes(x=variable,y=miR_ID)) + 
  geom_tile(aes(fill=label)) + 
  scale_fill_gradient(low = "white", high = "red") + #设置标尺填充色渐变为白色到红色
  xlab("samples") + theme_bw() + ggtitle("R2-20")